Nie wiem czy wiele Ci pomogę, ale pamiętam, że jak grałem na emulatorze to miałem podobny problem. Zapisywałem stan w menu gry, potem się nie pojawiał, dopiero gdy zrobiłem to w opcjach programu to save zadziałał. Sprawdź czy w opcjach super carda nie ma osobnej opcji zapisz albo użyj kombinacji klawiszy. Tyle mogę pomóc, nigdy nie miałem takowego urządzenia, zazwyczaj gram na oryginałach.

P.S Jest trochę możliwości. Powinieneś zakładać do każdej gry osobny folder, między innymi może to być problem z zapisem.

Cytat z gbforever.net:

Spoiler:

Super Card oferuje dwa standardy zapisów: Normal Save, oraz RTS (Real Time Save). Świeżo upieczeni użytkownicy dość szybko (z grymasem na ustach) zorientują się, że gry odtwarzane na Super Cardzie nie zapisują stanu pamięci gry, tzw. Save'ów. Oczywiście tylko w teorii, ponieważ Save nie zapisuje się automatycznie wtedy gdy gra oferuje tą opcję (po przejściu misji, lub po zapisaniu w menu gry). Stan gry zapisze się dopiero gdy gra zaoferuje zapis gry + gdy w tym momencie wykonamy odpowiednią kombinację - w tym przypadku L+R+Start+A. RTS to zapis gry w dowolnym momencie, niezależnie od tego, czy gra w danym momencie oferuje zapis czy nie. Kombinacja zapisu za pomocą RTS to: L+R+Start+B. Z tym że nie każda gra oferuje tę metodę zapisu.